有些企業出于業務性質不同，CRM系統的功能流程無法涵蓋它的流程，通過已經成交的客戶來搜集新的客戶和銷售人機會是小部分企業的做法，這個過程中會不斷地有新的客戶信息被錄入到CRM系統當中，執行訂單和處理投訴等，而有些廠商的CRM管理系統在這方面的流程設計并不是很人性化，因此流程自定義是個重要的操作。

目前大部分的CRM客戶關系管理系統都可以與其它企業級管理系統進行集成，使得CRM管理系統的功能變得很豐富，系統的運作性能也在不斷地提高，所以在集成時很少會出現延遲、丟失等問題，同時也解決了傳統的商務通訊方式，從原來的郵件、傳真、電話等方式全部實現了在線溝通。

CRM軟件的功能集成讓每個應用之間的流程互相關聯，通過程序開發技術來實現信息在每個部門之間的互通，當CRM的狀態從“潛在客戶”轉變為“客戶”時，該客戶的信息就會被自動傳遞會計程序，且創建客戶記錄，會計團隊還會收到自動發的郵件提醒，同時銷售團隊也可以在后期的跟進過程中得到更多的客戶反饋。

CRM系統除了在這些功能方面可以自定義之外，還可以實現自動化功能方面的定義，企業用戶還可以將另外一個應用程序的用戶界面中某個功能嵌入到CRM應用當中，這樣的話在特定的環節中，CRM用戶就可快速地手動輸入數據或者CRM內部啟動外部的一個應用就可以調用到數。

CRM系統業務流程的自定義可以說是在技術的基礎進行戰略思想上的提升，不管從哪個角度來看對于企業的發展都是百利的，所以部署CRM管理系統是很明智的戰略選擇。